根据《湿地生态系统评价指标体系》，中国科学院遥感与数字地球研究所对我省青海湖鸟岛、扎陵湖、鄂陵湖三处国际重要湿地经过进行了湿地生态系统评价工作，三块国际重要湿地生态系统综合功能等级良好。
经测算，青海湖鸟岛国际重要湿地生态系统综合健康指数为5.87，健康等级为中，综合功能指数为7.80，功能等级为好；青海扎陵湖湿地生态系统综合健康指数为4.63，健康等级为中，综合功能指数为7.22，功能等级为好；鄂陵湖湿地生态系统综合健康指数为5.73，健康等级为中 ，综合功能指数为7.33，功能等级为好。
根据评价报告显示，青海鸟岛国际重要湿地生态系统健康和功能状况较好，价值较高。保护区水环境状况良好，土地利用强度较小，调节功能发挥了很大作用，同时产生了很高的价值。扎陵湖国际重要湿地野生动物栖息地适宜程度适中，湿地面积变大。鄂陵湖国际重要湿地水环境良好，水质健康，土壤指标较好，湿地的供给功能较稳定，对大气、水资源和洪水的调节功能突出。